Контроллеры Joy-Con оснащены полным набором кнопок и могут выступать в качестве самостоятельного контроллера. Контроллеры оснащены акселерометром и гироскопом, а также поддерживают функцию вибрации HD. Правый Joy-Con оснащён меткой NFC, что позволяет вам считывать или записать данные на amiibo.